Von 1997 bis zu ihrer Versetzung in den Ruhestand 2014 war Erna Pfeiffer Außerordentliche Universitätsprofessorin am Institut für Romanistik der Karl-Franzens-Universität Graz; sie hatte seit dem Jahr 2000 mehrmals Gastprofessuren an der Leopold-Franzens-Universität in Innsbruck inne, und zwar sowohl am Institut für Romanistik als auch am Institut für Sprachen und Kulturen / Vergleichende Literaturwissenschaft. Von 2003 bis 2005 war sie in Graz Leiterin des Instituts für Romanistik, von 2005 bis 2007 stellvertretende Vorsitzende des Fakultätsgremiums der Geisteswissenschaftlichen Fakultät und von 2009-2011 Vorsitzende der Curricula-Kommission Romanistik. Sie war auch Mitglied des Steering-Committee für den interdisziplinären Wahlfachschwerpunkt „Global-Studies“ und hat maßgeblich an der Entwicklung des entsprechenden Masterstudiums mitgewirkt, das 2010 als reguläre Studienrichtung gestartet wurde. Von 2006 bis 2009 war sie Mitglied des Wissenschaftlichen Leitungsgremiums der „Montagsakademie“, einer Institution der Karl-Franzens-Universität Graz zur Vermittlung universitärer Forschungsansätze an ein breiteres, auch nichtwissenschaftliches Publikum.

Ihre Schwerpunkte in Forschung und Lehre erstrecken sich unter anderem auf folgende Themenfelder: Literatur- und Übersetzungswissenschaft sowie Gender Studies; Rezeptionsforschung, Dramen- und Erzähltextanalyse, feministische und soziohistorische Fragestellungen in Literatur und Übersetzung, wie z.B. Exil und Migration, Menschenrechts- und Gewaltproblematik oder jüdisches Schreiben in Lateinamerika. Insbesondere in der universitären Lehre hat sie Themen wie Intermedialität und Literaturverfilmung, fantastische und Kriminalliteratur, Parodie und Satire, Autobiographie und Testimonio-Literatur vertreten.